Entre 1486 y 1505, los aztecas invadieron y destruyeron Coyatoc y le nombraron Tochtlán, más tarde los españoles castellanizaron este nombre llamándolo Tuxtla, nombre que deriva del náhuatl (lugar en donde abundan los conejos).

Durante el colonialismo español, el pueblo de Tuxtla era un lugar de descanso antes de arribar a la Chiapa de los Indios, también era un punto de convergencia para los comerciantes que provenían de Oaxaca, Veracruz, Tabasco, Campeche y Guatemala.

El 9 de febrero de 1834, el gobernador Joaquín Miguel Gutiérrez la hizo por primera vez capital de Chiapas.

En 1835 se devolvió la capital a San Cristóbal de Las Casas.

En 1837, durante el régimen centralista de Santa Anna, Tuxtla es la cabecera del distrito del oeste del departamento de Chiapas, y el 31 de mayo de 1848 se le agrega al nombre de Tuxtla el apellido de Gutiérrez, en honor a su gobernador, ilustre federalista (Joaquín Miguel Gutiérrez).

De 1858 a 1861, Tuxtla Gutiérrez fue capital por segunda vez, y después se devolvieron los poderes a San Cristóbal.

De 1864 a 1867 Tuxtla es capital por tercera vez; después, otra vez San Cristóbal.

Finalmente, el 11 de agosto de 1892, el gobernador Emilio Rabasa, estableció por cuarta y definitiva vez la capital en Tuxtla Gutiérrez.

Esta rivalidad entre Tuxtla Gutiérrez y San Cristóbal de las Casas, dio pauta para que el General Bernardo A. Z. Palafox, Gobernador Interino Constitucional del Estado de Chiapas (1913 - 1914) y presidente de la Junta Organizadora de la Feria de Guadalupe del Municipio de Tuxtla Gutiérrez, en 1913 incluyera dentro del programa de festejos de la Virgen de Guadalupe el “Día Unión de Chiapas”, la convocatoria de un concurso de composición del Himno a Chiapas, con la finalidad de hacer un llamado entre los chiapanecos de paz y unión.

De ahí la letra del himno a Chiapas escrito por Don José Emilio Grajales y ganador del concurso:

“...que retornen las horas serenas, que prometen feliz porvenir.

Que se olvide la odiosa venganza; que termine por siempre el rencor; que una sea nuestra hermosa esperanza

y uno sólo también nuestro amor.”